壬生寺の北隣にある新撰組屯所跡は、京都の浪士取締りや治安維持に活躍した新撰組の宿舎跡であるとともに、その発祥地でもあります。文久３年（１８６３年）春、将軍徳川家茂の上洛警護のため清河八郎率いる浪士組が入洛した際、その宿舎の一つとして使われました。

律宗別格本山の名刹で、寺伝によれば、正暦２年（９９１年）三井寺の快賢僧都により創建され、小三井寺と呼ばれていました。新撰組ゆかりの寺でもあり、境内の壬生塚には新撰組隊士の墓塔がまつられています。