昭和25年7月24日（当初）、平成10年8月24日（最新変更）

京都市、宇治市、綴喜郡宇治田原町、（滋賀県）

本公園は日本最大の淡水湖である琵琶湖を中心とし、比良、比叡、伊吹、霊山の一部及び湖南瀬田宇治川流域までの自然景観に加えて、神社仏閣、城跡、古戦場その他の史跡重要文化財を包含する景観保全を目的としており、このうち京都府域は比叡山の頂上付近の一部及び平等院を含む宇治橋までの宇治川両岸が指定されている。

特別地域（京都府域）：1,643ヘクタール
※内訳　特別保護地区なし、第1種なし、第2種723 ha、第3種920 ha
※指定植物（全域）
ミズゴケ属、スギラン、マンネンスギ、エゾヒメクラマゴケ、イワヒバ、ヤシャゼンマイ、オオフジシダ、シノブ、ヤマソテツ、ウラボシノコギリシダ、オオクジャクシダ、イチョウシダ、アオガネシダ、クモノスシダ、コタニワタリ、ヤノネシダ、オシャクジデンダ、イワオモダカ、オオクボシダ、シシラン、イブキトラノオ（ホソバイブキトラノオを含む。)、ハルトラノオ、フジナデシコ（ハマナデシコ）、カワチブシ、オオダイブシ（アシブトウズ）、イブキトリカブト、キタヤマブシ、レイジンソウ（イブキレイジンソウを含む。)、アズマレイジンソウ（ウスゲレイジンソウを含む。)、フクジュソウ、ミスミソウ（スハマソウ、ケスハマソウを含む。)、イチリンソウ、アズマイチゲ、カザグルマ、トリガタハンショウヅル、バイカオウレン、セツブンソウ、サンインシロカネソウ、トウゴクサバノオ、オキナグサ、キンバイソウ、ヤマシャクヤク、サンカヨウ、キバナイカリソウ、バイカイカリソウ、トキワイカリソウ、ヒツジグサ、ミヤコアオイ、スズカカンアオイ、アツミカンアオイ、ウスバサイシン（サイシン）、ヒメカンアオイ、イシモチソウ、モウセンゴケ、コモウセンゴケ、ヤマブキソウ、ヤハズアジサイ、チャルメルソウ、ウメバチソウ（コウメバチソウを含む）、ジンジソウ、カエデダイモンジソウ、シモツケソウ（アカバナシモツケソウを含む。）、イワキンバイ、ハスノハイチゴ、ミツバイワガサ（イワガサ、タンゴイワガサ）、イブキシモツケ、イワシモツケ、グンナイフウロ（タカネグンナイフウロを含む。）、ヒメフウロ、コフウロ、ハクサンフウロ（イブキフウロを含む。）、ビッチュウフウロ、カキノハグサ（ナガバカキノハグサを含む。）、ヒナノキンチャク、ヒナノカンザシ、ハガクレツリフネ、カラスシキミ、オオバキスミレ、ヤマトグサ、ウラジロウコギ、イワウメ、イワカガミ（コイワカガミ、オオイワカガミを含む。）、ウメガサソウ、シャクジョウソウ、ギンリョウソウモドキ（アキノギンリョウソウ）、ギンリョウソウ、アカモノ（シロイワハゼ）、ウラジロヨウラク（ツリガネツツジを含む。）、イワナシ、ミツバツツジ、レンゲツツジ（キレンゲを含む。）、ツクシシャクナゲ（ホンシャクナゲ、オキシャクナゲを含む。）、サイコクミツバツツジ、コバノミツバツツジ、オオコメツツジ、サラサドウダン、シロドウダン（ベニドウダンを含む。）、クリンソウ、リンドウ、タテヤマリンドウ、エゾリンドウ、センブリ、イヌセンブリ、ミツガシワ、クサタチバナ、イナモリソウ、ミカエリソウ（イトカケソウ）、デワノタツナミソウ、エゾタツナミソウ、イブキジャコウソウ（イワジャコウソウを含む。）、コゴメグサ（イブキコゴメグサ）、ミヤマコゴメグサ（オオミコゴメグサを含む。）、ヤマウツボ（ケヤマウツボを含む。）、ルリトラノオ、イワタバコ、ミミカキグサ、フサタヌキモ、ヒメタヌキモ、ノタヌキモ、ホザキノミミカキグサ、イヌタヌキモ、ムラサキミミカキグサ、イワツクバネウツギ、ダイセンヒョウタンボク、キンレイカ、サワギキョウ、シデシャジン、キキョウ、チョウジギク、サワシロギク、ミヤマヨメナ、タイミンガサ、オハラメアザミ、マアザミ（キセルアザミ、ツクデマアザミ）、ホソバムカシヨモギ、マルバダケブキ、オタカラコウ、ハンカイソウ、オオニガナ、オオダイトウヒレン、ヒメヒゴタイ、サワオグルマ、セイタカタンポポ、ネジレモ、アサツキ、ヤマラッキョウ、カタクリ、ミノコバイモ（コバイモ）、キバナノアマナ、ショウジョウバカマ、シロバナショウジョウバカマ、キヨスミギボウシ（ハヤザキギボウシ）、イワギボウシ、ヤマユリ、ササユリ、コオニユリ、キンコウカ、イワショウブ、タマガワホトトギス、エンレイソウ、アマナ、ヒロハノアマナ、ノハナショウブ、ヒメシャガ、ヒゲノガリヤス、トウササクサ、イブキソモソモ、ユキモチソウ、ザゼンソウ、オタルスゲ、ミカヅキグサ、ヒナラン、ムギラン、エビネ、ナツエビネ、ギンラン、キンラン、サイハイラン、シュンラン（ホクロ）、クマガイソウ、セッコク、カキラン、ツチアケビ、オニノヤガラ、アケボノシュスラン、ミヤマウズラ、ノビネチドリ、ムカゴトンボ、サギソウ、ミズトンボ、ムカゴソウ、セイタカスズムシ、ジガバチソウ、クモキリソウ、コクラン、ヒメフタバラン、フウラン、ヨウラクラン、ヒナチドリ、ウチョウラン、コケイラン、ジンバイソウ、ツレサギソウ、ヤマサギソウ、ハシナガヤマサギソウ、オオバノトンボソウ、コバノトンボソウ、キソチドリ、オオヤマサギソウ、トキソウ、ヤマトキソウ、ベニカヤラン（マツラン）、カヤラン、クモラン、ヒトツボクロ、トンボソウ　計216種類

普通地域（京都府域）：なし

◎文献：琵琶湖国定公園指定書及び公園計画書　平成10年　環境庁