| ミズゴケ科 | Sphagnaceae | |
| Sphagnum palustre L. | オオミズゴケ |
| キセルゴケ科 | Buxbaumiaceae | |
| Diphyscium fulvifolium Mitt. | イクビゴケ |
| スギゴケ科 | Polytrichaceae | |
| Atrichum rhystophyllum (Mull.Hal.) Paris | ヒメタチゴケ |
| Pogonatum inflexum (Lindb.) Sande Lac. | コスギゴケ |
| Polytrichum commune Hedw. | ウマスギゴケ |
| Polytrichum formosum Hedw. | オオスギゴケ |
| ホウオウゴケ科 | Fissidentaceae | |
| Fissidens adelphynus Besch. | コホウホウゴケ |
| Fissidens dubius P. Beauv. | トサカホウオウゴケ |
| Fissidens nobilis Griff. | ホウオウゴケ |
| Fissidens tosaensis Broth. | チャボホウオウゴケ |
| シッポゴケ科 | Dicranaceae | |
| Campylopus japonicus Broth. | ヤマトフデゴケ |
| Dicranella heteromalla (Hedw.) Schimp. | ススキゴケ |
| Dicranum nipponese Besch. | オオシッポゴケ |
| Dicranum scoparium Hedw. | カモジゴケ |
| Oncophorus crispifolius (Mitt.) Lindb. | チヂミバコブゴケ |
| シラガゴケ科 | Leucobryaceae | |
| Leucobryum bowringii Mitt. | アラハシラガゴケ |
| Leucobryum juniperoideum (Brid.) Mull.Hal. | ホソバオキナゴケ |
| Leucobryum scabrum Sande Lac. | オオシラガゴケ |
| センボンゴケ科 | Pottiaceae | |
| Barbula unguiculata Hedw. | ネジクチゴケ |
| Didymodon constrictus (Mitt.) K.Saito | チュウゴクネジクチゴケ |
| Hyophila propagulifera Broth | ハマキゴケ |
| Scopelophila cataractae (Mitt.) Broth. | ホンモンジゴケ |
| Tortula muralis Hedw. | ヘラハネジレゴケ |
| ギボウシゴケ科 | Grimmiaceae | |
| Ptychomitrium fauriei Besch. | ヒダゴケ |
| Racomitrium japonicum (Dozy & Molk.) Dozy & Molk. | エゾスナゴケ |
| Schistidium liliputanum (Mull.Hal.) Deguchi | コメバギボウシゴケ |
| Schistidium strictum (Turner) Loeske ex Martensson | ホソバギボウシゴケ |
| ヒナノハイゴケ科 | Erpodiaceae | |
| Glyphomitrium humillimum (Mitt.) Cardot | サヤゴケ |
| ハリガネゴケ科 | Bryaceae | |
| Brachymenium exile (Dozy & Molk.) Bosch & Sande Lac. | ホソウリゴケ |
| Bryum capillare Hedw. | ハリガネゴケ |
| Pohlia flexuosa Hook. | ケヘチマゴケ |
| チョウチンゴケ科 | Mniaceae | |
| Mnium laevinerve Card. | ナメリチョウチンゴケ |
| Plagiomnium acutum (Lindb.) T. J. Kop. | コツボゴケ |
| Plagiomnium vesicatum (Besch.) T.J.Kop. | オオバチョウチンゴケ |
| Trachycystis microphylla (Dozy & Molk.) Lindb. | コバノチョウチンゴケ |
| ヒゲゴケ科 | Theliaceae | |
| Fauriella tenuis (Mitt.) Cardot | エダウロコゴケモドキ |
| ヒノキゴケ科 | Rhizogoniaceae | |
| Pyrrhobryum dozyanum (Sande Lac.) Manuel | ヒノキゴケ |
| タチヒダゴケ科 | Orthotrichaceae | |
| Macromitrium japonicum Dozy & Molk. | ヤマトミノゴケ |
| Orthotrichum consobrinum Cardot | タチヒダゴケ |
| ヒジキゴケ科 | Hedwigiaceae | |
| Hedwigia ciliata (Hedw.) Ehrh. ex P.Beauv. | ヒジキゴケ |
| イトヒバゴケ科 | Cryphaeaceae | |
| Forstroemia trichomitra (Hedw.) Lindb. | スズゴケ |
| ハイヒモゴケ科 | Meteoriaceae | |
| Barbella pendula (Sull.) M. Fleisch. | イトゴケ |
| ヒラゴケ科 | Neckeraceae | |
| Neckera humilis Mitt. | チャボヒラゴケ |
| Neckera pennata Hedw. | ハネヒラゴケ |
| トラノオゴケ科 | Dolichomitriaceae | |
| Isothecium subdiversiforme Broth. | ヒメコクサゴケ |
| ウスグロゴケ科 | Leskeaceae | |
| Okamuraea brachydictyon (Card.) Nog. | ホソオカムラゴケ |
| Okamuraea hakoniensis (Mitt.) Broth. | オカムラゴケ |
| Okamuraea plicata Cardot | キノクニオカムラゴケ |
| キヌイトゴケ科 | Anomodontaceae | |
| Haplohymenium pseudo-triste (Mull.Hal.) Broth. | コバノイトゴケ |
| Haplohymenium triste (Ces.) Kindb. | イワイトゴケ |
| Herpetineuron toccoae (Sull. & Lesq.) Cardot | ラセンゴケ |
| シノブゴケ科 | Thuidiaceae | |
| Haplocladium angustifolium (Hampe & Mull.Hal.) Broth. | ノミハニワゴケ |
| Thuidium cymbifolium (Dozy & Molk.) Dozy & Molk. | ヒメシノブゴケ |
| Thuidium glaucinoides Broth. | リュウキュウシノブゴケ |
| Thuidium kanedae Sakurai | トヤマシノブゴケ |
| Thuidium pristocalyx (Mull.Hal.) A.Jaeger | アオシノブゴケ |
| アオギヌゴケ科 | Brachytheciaceae | |
| Brachythecium plumosum (Hedw.) Schimp | ハネヒツジゴケ |
| Eurhynchium savatieri Schimp. ex Besch. | ツクシナギゴケ |
| Rhynchostegium pallidifolium (Mitt.) A.Jaeger | コカヤゴケ |
| Rhynchostegium riparioides (Hedw.) Cardot | アオハイゴケ |
| ツヤゴケ科 | Entodontaceae | |
| Entodon challengeri (Paris) Cardot | ヒロハツヤゴケ |
| Entodon flavescens (Hook.) A.Jaeger | エダツヤゴケ |
| サナダゴケ科 | Plagiotheciaceae | |
| Plagiothecium euryphyllum (Card. & Ther.) Z. Iwats. | オオサナダゴケモドキ |
| ナガハシゴケ科 | Sematophyllaceae | |
| Brotherella henonii (Duby) M.Fleisch. | カガミゴケ |
| Pylaisiadelpha tenuirostris (Bruch & Schimp.) W.R.Buck | コモチイトゴケ |
| Sematophyllum subhumile (Mull.Hal.) M.Fleisch. | ナガハシゴケ |
| ハイゴケ科 | Hypnaceae | |
| Callicladium haldanianum (Grev.) H.A.Crum | クサゴケ |
| Homomallium connexum (Cardot) Broth. | エゾキヌタゴケ |
| Hypnum oldhamii (Mitt.) A.Jaeger & Sauerb. | ヒメハイゴケ |
| Hypnum plumaeforme Wilson | ハイゴケ |
| Hypnum plumaeforme Wilson var. minus Broth. ex Ando | コハイゴケ |
| Platygyrium repens (Brid.) Bruch & Schimp. | イヌサナダゴケ |
| Pseudotaxiphyllum densum (Cardot) Z.Iwats. | ヒダハイチイゴケ |
| Pseudotaxiphyllum maebarae (Sak.) Iwats. | ヒゴイチイゴケ |
| Pseudotaxiphyllum pohliaecarpum (Sull. & Lesq.) Z.Iwats. | アカイチイゴケ |
| イワダレゴケ科 | Hylocomiaceae | |
| Loeskeobryum cavifolium (Sande Lac.) M.Fleisch. ex Broth. | フトリュウビゴケ |
| マツバウロコゴケ科 | Pseudolepicoleaceae | |
| Blepharostoma minus Horik. | チャボマツバウロコゴケ |
| ムチゴケ科 | Lepidoziaceae | |
| Bazzania japonica (Lac.) Lindb. | ヤマトムチゴケ |
| Bazzania pompeana (Lac.) Mitt. | ムチゴケ |
| Bazzania tridens (Reinw. et al.) Trev. | コムチゴケ |
| Kurzia makinoana (Steph.) Grolle | コスギバゴケ |
| Lepidozia vitrea Steph. | スギバゴケ |
| ツキヌキゴケ科 | Calypogeiaceae | |
| Calypogeia arguta Nees et Mont. | チャボホラゴケモドキ |
| Calypogeia tosana (Steph.) Steph. | トサホラゴケモドキ |
| ヤバネゴケ科 | Cephaloziaceae | |
| Cephalozia catenulata (Hueb.) Lindb. subsp. nipponica (Hatt.) Inoue | カタヤバネゴケ |
| Cephalozia otaruensis Steph. | オタルヤバネゴケ |
| コヤバネゴケ科 | Cephaloziellaceae | |
| Cephaloziella microphylla (Steph.) Douin | コバノヤバネゴケ |
| ツボミゴケ科 | Jungermanniaceae | |
| Jungermannia infusca (Mitt.) Steph. | オオホウキゴケ |
| Nardia assamica (Mitt.) Amak. | アカウロコゴケ |
| ヒシャクゴケ科 | Scapaniaceae | |
| Diplophyllum serrulatum (K. Muell.) Steph. | ノコギリコオイゴケ |
| Scapania stephanii K. Muell. | チャボヒシャクゴケ |
| ウロコゴケ科 | Geocalycaceae | |
| Chiloscyphus minor (Nees) J.J.Engel & R.M.Schust. | ヒメトサカゴケ |
| Heteroscyphus argutus (Reinw. et al.) Schiffn. | ウロコゴケ |
| Heteroscyphus planus (Mitt.) Schiffn. | ツクシウロコゴケ |
| ケビラゴケ科 | Radulaceae | |
| Radula constricta Steph. | クビレケビラゴケ |
| Radula japonica Steph. | ヤマトケビラゴケ |
| Radual oyamensis Steph. | ヒメケビラゴケ |
| ヤスデゴケ科 | Frullaniaceae | |
| Frullania pedicellata Steph. | クロアオヤスデゴケ |
| Frullania ericoides (Nees) Mont. | ミドリヤスデゴケ |
| Frullania muscicola Steph. | カラヤスデゴケ |
| クサリゴケ科 | Lejeuneaceae | |
| Acrolejeunea pusilla (Steph.) Grolle et Gradst. | ヒメミノリゴケ |
| Cololejeunea minutissima (Sm.) Schiffn. | マルバヒメクサリゴケ |
| Cololejeunea raduliloba Steph. | ナガシタバヨウジョウゴケ |
| Cheilolejeunea imbricata (Mitt.) Hatt. | シゲリゴケ |
| Lejeunea discreta Lindenb. | カマハコミミゴケ |
| Lejeunea japonica Mitt. | ヤマトコミミゴケ |
| Lejeunea pallide-virens Hatt. | モエギコミミゴケ |
| Lejeunea ulicina (Tayl.) Gott. et al. | コクサリゴケ |
| Trocholejeunea sandvicensis (Gott.) Mizut. | フルノコゴケ |
| ウロコゼニゴケ科 | Codoniaceae | |
| Fossombronia foveolata Lindb. var. cristula (Aust.) Schust. | ウロコゼニゴケ |
| クモノスゴケ科 | Pallaviciniaceae | |
| Pallavicinia subciliata (Aust.) Steph. | クモノスゴケ |
| フタマタゴケ科 | Metzgeriaceae | |
| Metzgeria lindbergii Schiffn. | ヤマトフタマタゴケ |
| Metzgeria temperata Kuwah. | コモチフタマタゴケ |
| アズマゼニゴケ科 | Wiesnerellaceae | |
| Dumortiera hirsuta (Sw.) Nees | ケゼニゴケ |
| ジャゴケ科 | Conocephalaceae | |
| Conocephalum conicum (L.) Underw. | ジャゴケ |
| Conocephalum japonicum (Thunb.) Grolle | ヒメジャゴケ |
| ゼニゴケ科 | Marchantiaceae | |
| Marchantia paleacea Bert. subsp. diptera (Nees et Mont.) Inou | フタバネゼニゴケ |
| ウキゴケ科 | Ricciaceae | |
| Riccia sorocarpa Bisch. | ミドリハタケゴケ |
