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平成29年4月1日から厚生労働省が健康牛のBSE検査を廃止したことを受け、京都府においても同日から健康牛のBSE検査を廃止しました。なお、府内2カ所の食肉センター（亀岡市、福知山市）に搬入される牛について、BSE検査体制は引き続き維持しており、過去9年間の検査において全て陰性であることを確認しています。
| 年度 | 検査実施数 | 検査結果 |
| 令和7年度 | 1 | 全て陰性 |
| 令和6年度 | 1 | 全て陰性 |
| 令和5年度 | 1 | 全て陰性 |
| 令和4年度 | 2 | 全て陰性 |
| 令和3年度 | 2 | 全て陰性 |
| 令和2年度 | 2 | 全て陰性 |
| 平成31年度 | 0 | - |
| 平成30年度 | 2 | 全て陰性 |
| 平成29年度 | 13 | 全て陰性 |
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